O Instituto de Microbiologia foi avaliado pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e recebeu no dia 20 de setembro 2017 o conceito 7, que é o nível máximo da capes.
A Avaliação do Sistema Nacional de Pós-Graduação, estabelecida em 1998, é orientada pela Diretoria de Avaliação da Capes e realizada com a participação da comunidade acadêmico cientifica. Esta avaliação é essencial para assegurar e manter a qualidade dos cursos de Mestrado e Doutorado no país. É uma importante certificação da qualidade da pós-graduação Brasileira e referência para a distribuição de bolsas e recursos para o fomento à pesquisa. Nesta avaliação são levadas em conta a infraestrutura física da instituição, a formação e atividades de docentes, matrícula e titulação de alunos, disciplinas oferecidas, projetos de pesquisa desenvolvidos, produção bibliográfica em termos de artigos científicos, livros, dissertações e teses defendidas, produção técnica e tecnológica como patentes e presença mestrados profissionais ligados aos programas.
Este novo conceito é o resultado do esforço, trabalho e dedicação da comunidade cientifica, funcionários e alunos desta instituição que compartilham esta grande conquista.